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ドデシルスルホン酸ナトリウム（SDS）などの界面活性剤をタンパク質または核酸に添加すると、界面活性剤はタンパク質と核酸を会合させ、変性させます。タンパク質の変性は、電気泳動における分子量の決定を容易にする。
必要とされる試料の量は、典型的には、タンパク質については試料バンドあたり100〜500ナノグラムであり、核酸についてはバンドあたり5〜100ngであり、総容量約25〜40マイクロリットルである。典型的にはポリアクリルアミドまたはアガロースで作られたゲルを調製または購入して、これらのタンパク質を分離することができる。ゲルはゼラチンによく似ています。それは主に水ですが、取り扱いのために十分な固体です。ゲルは、pHを制御する緩衝液を含む。ゲルは非常に薄く（1〜2mm）、長方形です。片面は欠け歯が多い櫛のように見えます。ギャップはウェルと呼ばれます。
サンプルのロード
バッファーを用いてゲルをチャンバーに入れ、変性したタンパク質をウェルに加えます。既知の分子量の試料を外側ウェルに添加する。ゲルは様々な量のポリアクリルアミドで作られる。低い分子量（4％）は高分子量の分子を分離するのには優れているが、高い分子量の分子には高いゲル強度（12％）が使用される。グラジエントゲルはゲル強度が異なり、分解能の低下により広範囲のタンパク質を分離することができます。
エレクトロマイグレーション
高電圧を印加すると、変性したタンパク質はウェルの底に向かって移動する。タンパク質の重量が高いほど、動きは遅くなります。電気を切ると、タンパク質の動きが止まります。 1つは、チャンバーからゲルを取り出し、染料で皿の中でそれを揺り動かします。クーマシーブルーや金属色素などの有機色素はタンパク質に染色され、臭化エチジウムなどの蛍光色素は核酸に使用されます。
結果分析
余分な汚れを取り除くと、混合物がはしご状に見えるバンドに分かれることが分かります。
各バンドにおけるサンプルの分子量を決定するために、バンドの位置をスタンダードによって動かされた距離と比較する。ゲルはアルコールで脱水して乾燥させることができます。次に、バンドの色の強さを測定して、各バンドのタンパク質の濃度を測定することができます。
プロトコルの開発
標準的なプロトコルは、既知のタンパク質。研究者がよく知られていないサンプルを扱っている場合、最良の分離とシグナルを得るために、ゲル強度、バッファータイプ、バッファーpH、電圧、実行時間、および染色液をすべて最適化する必要があります。
プロトコル
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